Το παραθαλάσσιο αυτό χωριό βρίσκεται περίπου 10 χλμ. ανατολικά του Μεσολογγίου, στους νοτιοδυτικούς πρόποδες του όρους Βαράσοβα, το οποίο ορθώνεται εντυπωσιακά δίπλα του, και οφείλει το όνομά του στην κρύα πηγή που αναβλύζει από το βουνό στο σημείο αυτό. Η πηγή θεωρείται από ορισμένους ότι ταυτίζεται με την πηγή Καλλιρρόη, που αναφέρεται από τον Παυσανία (Παυσ. Αχαϊκά VII, 21,1-5 και VIII, 24,9-10). Συνδέεται με μία ενδιαφέρουσα μυθολογική παράδοση, χωρίς όμως να υπάρχει γενική συμφωνία, καθώς άλλοι την τοποθετούν στην Καλυδώνα, πλησίον του ιερού της Λαφρίας Αρτέμιδος. Σύμφωνα με το μύθο, ο Κόρεσος, ιερέας του ναού του Διονύσου, ερωτεύτηκε την παρθένο Καλλιρρόη και θυσιάστηκε για τον έρωτά της. Η ίδια τότε αυτοκτόνησε από ντροπή στην πηγή, η οποία πήρε το όνομά της.
Στο Κρυονέρι τοποθετείται το επίνειο της Καλυδώνας, που συνδεόταν οδικά με αυτή. Λόγω των μεγάλων γεωμορφολογικών μεταβολών που έχουν συντελεστεί, δεν έχουν μέχρι σήμερα εντοπιστεί με σαφήνεια τα ίχνη του, αν και υπάρχουν αναφορές για ίχνη στη θάλασσα και σε χάρτη του Αγγλικού Ναυτικού του 1867 διακρίνονται ερείπια κάτω από το νερό.
Τα κατάλοιπα που έχουν εντοπιστεί στην περιοχή του Κρυονερίου μαρτυρούν ότι η θέση είχε διαχρονικά μεγάλη σημασία, καθώς βρισκόταν κοντά στην ακτή της Πελοποννήσου και προσέφερε σχετικά εύκολη πρόσβαση δια θαλάσσης. Στις δυτικές υπώρειες του όρους Βαράσοβα η Βρετανή αρχαιολόγος S. Benton είχε σημειώσει προϊστορικά κατάλοιπα, ενώ στην ίδια πλευρά του έχουν εντοπιστεί τάφοι γεωμετρικών και ελληνιστικών χρόνων.
Η σημασία της περιοχής διατηρήθηκε ή και ενισχύθηκε στους ρωμαϊκούς χρόνους, αφού φαίνεται ότι αποτελούσε την αφετηρία μεγάλης χερσαίας αρτηρίας που ξεκινούσε από εδώ και έφτανε μέχρι τη Νικόπολη (κοντά στη σημερινή Πρέβεζα). Η υπόθεση αυτή ενισχύεται περισσότερο από την ύπαρξη μεγάλης παραθαλάσσιας έπαυλης (villa maritima) με χώρους λουτρών και βασιλικής πρωτοβυζαντινών χρόνων. Η τελευταία ερευνήθηκε κοντά στην ακτή, στο σημείο που υπήρχε παλαιά αποθήκη του Ο.Σ.Ε. που κατεδαφίστηκε τη δεκαετία του 1980, και ανήκε πιθανότατα σε ευρύτερο οικισμό. Ήταν κατασκευασμένη πάνω σε παλαιότερη βασιλική, η οποία είχε κτιστεί με αρχαίο υλικό. Το εκκλησιαστικό μνημείο ήταν διακοσμημένο με ψηφιδωτά δάπεδα με φυτικά και γεωμετρικά κοσμήματα και θέματα από το θαλάσσιο και ζωικό κόσμο. Αργότερα, πιθανώς μέχρι τους μέσους βυζαντινούς χρόνους, ο χώρος εγκαταλείφθηκε και χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο. Ίσως λόγω βαρβαρικών επιδρομών να αναζητήθηκε πλέον προστασία σε πιο προστατευμένες θέσεις, όπως το όρος Βαράσοβα. Τα κατάλοιπα των παραπάνω εποχών που έχουν αποκαλυφθεί στην ευρύτερη περιοχή του Κρυονερίου δεν είναι σήμερα επισκέψιμα.
Το 19ο αι. το Κρυονέρι απoτέλεσε κόμβο συγκοινωνίας με τη δυτική Ελλάδα, αφού από εδώ ξεκινούσε η σιδηροδρομική γραμμή των Σιδηρόδρομων Βορειοδυτικής Ελλάδας, συνολικού μήκους 61,4 χιλιομέτρων, που έφτανε μέχρι το Αγρίνιο και η οποία σταμάτησε να λειτουργεί το 1975. Η σύνδεση με την ακτή της Πελοποννήσου γινόταν με τη χρήση του πορθμείου και του ατμόπλοιου «Καλυδών», το οποίο έφτανε στην Πάτρα σε περίπου μία ώρα και ένα τέταρτο, εφόσον έπνεαν ευνοϊκοί άνεμοι, διακοπτόταν όμως συχνά λόγω καιρικών συνθηκών.
